Grundsätzlich sollte ein Filter nicht längere Zeit abgeschaltet werden und auch nachts laufen. Aufgrund theoretischer Überlegungen wird häufig befürchtet, dass nach dem Wiederanschalten Nitrit und andere Gifte aus dem Filter in das Aquarienwasser gelangen und Fische sterben können, weil die Bakterien im Filter aus Sauerstoffmangel absterben.

Ob allerdings bei längerer Abschaltung die Bakterien und Mikroorganismen im Filter wirklich absterben ist fraglich.
Das Problem kann aber auch ohne Absterben der Bakterien in aeroben Filtern auftreten, wenn einige fakultative Anaerobier ihren Stoffwechsel umstellen und dann Nitrit und andere Gifte produzieren. Es muss dabei nicht gleich das ganze Aquarium kippen, aber empfindliche Fische können geschädigt werden. In der Fischzucht hat auch schon ein kurzer Ausfall der Filterung bei der Fischbrut meist fatale Folgen, auch wenn der Besatz schwach ist.

Praktische Erfahrungen zeigen, dass bei normalen Aquarien ein Filter zumindest über Stunden, teilweise auch über Tage, ausgeschaltet werden kann, ohne dass es beim Wiederanschalten zu Problemen kommt, wenn das Aquarium nicht zu stark belastet ist.

Sauerstoffmangel, Bakteriensterben und die Abgabe von Giften, wenn der Filter wieder eingeschaltet wird, betrifft vermutlich nur relativ frische Filter, die aber mit Unmengen noch nicht verarbeiteter organischer Stoffe belastet sind.
Wenn die Nitrifikation und Oxidation der kritischen Stoffe weitgehend abgeschlossen ist, befindet sich im Filter ein Schlamm, der mit gutem, fertigen Kompost verglichen werden kann. Der Schlamm fault nicht und die weiteren Umsetzungsprozesse laufen so träge ab, dass normalerweise keine ernste Gefahr besteht.

In einem stark überbesetzten und evtl. gut abgedeckten Aquarium könnte es vielleicht zu Sauerstoffmangel kommen, wenn der Filter eine Zeit lang abgeschaltet wird. Katastrophen nach Filter- oder Stromausfall sind in Aquarien zu befürchten, die eigentlich auch so ausgeräumt werden sollten.

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